Concernant la flore, 5 groupements végétaux ou "habitats naturels" menacés à l'échelle européenne ont justifié la création du site Natura 2000 "Etang et mares de la Capelle" :
Végétation aquatique à Characées
Fiche descriptive
Végétation à grands Potamots
Fiche descriptive
Gazons amphibies méditerranéens
Fiche descriptive
Forêts galeries à Saule blanc et Peuplier blanc
Fiche descriptive
Forêts de Chênes verts supra-méditerranéennes
Fiche descriptive