C’est en 1995 que la mise en place du site NATURA 2000 débute. Tout d’abord uniquement sur la commune de La Capelle-et-Masmolène. Le site a été identifié par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel pour être inscrit au réseau européen d'espaces naturels : Natura 2000. La surface du site était alors de 193 ha.
La démarche n’aboutira pas dans un premier temps pour de multiples raisons : manque de précision sur les enjeux écologiques, réticences locales, concertation insuffisante, politique Natura 2000 balbutiante.
Délimitation du site Natura 2000 (cliquez sur la carte)
Finalement en 2005, suite à des expertises naturalistes approfondies sur le territoire, la DIREN L-R (à présent DREAL L-R) instruit la désignation du site Natura 2000 « Etang et mares de la Capelle » actuel sur 315 hectares. Son périmètre inclut l’étang de la Capelle et la centaine de petites mares et plans d’eau présentes entre les villages de la Capelle-et-Masmolène et de Saint-Victor-des-Oules.
C’est la présence du Triton crêté, de gazons amphibies méditerranéens, de Cordulie à corps fins (libellule) et de Lucane cerf-volant (scarabée), rares et menacés à l'échelle européenne, qui justifient cette délimitation Natura 2000.