Chaque pays membre définit les sites sur son territoire. Les sites peuvent être désignés au titre de la directive "Oiseaux" ou de la directive "Habitats, faune et flore" selon les espèces et les milieux naturels rares ou menacés présents dans le territoire considéré.
Ainsi on retrouve deux types de sites :
• Les Zones Spéciale de Conservation (ZSC) désigné au titre de la directive "Habitats, faune et flore" qui tend à la protection des habitats naturels (ou semi-naturels) devenus rares ou menacés* sur le territoire européen (liste et critères en annexe I et II de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE92/43)
• Les Zone de Protection Spéciale (ZPS) désigné au tire de la directive Oiseaux qui tend à la protection des oiseaux rares ou menacés* et leurs milieux de vie (liste et critères en annexe 1 de la directive « Oiseaux » CEE 79/409)
*La notion de rareté ou de menace s’apprécie à l’échelle du territoire européen (et non à l’échelle locale).